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pc4covid19 / COVID19:版本0.3.2:v3原型草案

保罗·麦克林

COVID19组织模拟器

版: 0.3.2

发布日期: 2020年7月15日

总览

该模型模拟具有初始免疫反应的SARS-CoV-2(冠状病毒/ COVID19)在上皮层中的复制动态。在社区的支持下,它正在快速原型化和完善(见下文)。

在此模型中,SARS-CoV-2(冠状病毒/ COVID19)感染单个细胞,或将病毒体溶液施用于细胞外空间。该病毒未包被以释放病毒RNA,后者合成组装到病毒体中的病毒蛋白。组装好的病毒体被出口到环境中,在那里它们可以扩散并感染其他细胞。在细胞外空间,病毒粒子粘附于ACE2受体并通过胞吞作用而被内在化。内在的ACE2受体释放其病毒,并循环回到地面。

居民巨噬细胞摄取凋亡细胞,并释放促炎细胞因子,从而募集更多的巨噬细胞,嗜中性粒细胞和CD8 + T细胞。 CD8 + T细胞对被感染细胞释放并粘附的细胞因子趋化。 CD8 + T细胞的累积接触时间可以诱导感染细胞的凋亡。活化的巨噬细胞和嗜中性粒细胞沿趋化因子和碎片梯度趋化趋化性,并继续吞噬死细胞。中性粒细胞还吸收游离(细胞外)病毒。

该模型包括引起细胞凋亡的基本药效学反应(对组装的病毒体)。凋亡细胞释放其部分或全部内部内容物,特别是包括病毒体。

注意事项和免责声明:

该模型正在使用快速原型进行积极开发:

  • 尚未经过同行审查。
  • 此阶段旨在推动基础科学研究和公共教育。
  • 它不能用于公共政策决策。
  • 它不能用于个人医疗决策。

社区,特别是传染病专家的意见将不断完善这种模式。验证状态将随着此过程进行更新。

关键的makefile规则:

使 :编译项目。

弄干净 :删除所有.o文件和可执行文件,以便下一个“ 使”重新编译整个项目

进行数据清理 :清除所有模拟数据

重置 :重置为默认设置(恢复配置文件)

更多参考

预印本: //doi.org/10.1101/2020.04.02.019075

型号详情: //github.com/MathCancer/COVID19/wiki/About

主页: http://covid19.PhysiCell.org

支持: //sourceforge.net/p/physicell/tickets/

最新资讯: 跟随 @PhysiCell@MathCancer 在Twitter(http://twitter.com/MathCancer)

有关完整的更改日志,请参见changes.md。

档案 (20.1 MB)
名称 尺寸
pc4covid19 / COVID19-0.3.2.zip
md5:1efb8a243b614f422be884b72387e770
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