数据集 开放存取

快速创建面向世界的数据产品'马蹄蝙蝠及其亲属的标本,一种已知的冠状病毒水库

桅杆,奥斯丁河; 保罗·黛博拉·L。; 纳尔逊里奥斯; 罗伯特·布鲁恩; 道尔顿·特雷弗; 克里姆梅尔(Erica R.); 皮尔森(Katelin D.); 谢尔曼阿雅; 肖特豪斯(David P.); 西蒙斯,南希·B。; 帕尔玛·索尔蒂斯; 内森Upham

该存储库与NSF DBI 2033973,RAPID Grant:为世界快速创建数据产品相关联'已知的冠状病毒水库-马蹄蝙蝠及其亲属标本(//www.nsf.gov/awardsearch/showAward?AWD_ID=2033973)。具体来说,该存储库包含 (1) 来自iDigBio的原始数据(http://portal.idigbio.org)和GBIF(//www.gbif.org), (2) R代码用于可重复数据的整理和改进, (3) 与数据增强相关的协议,以及 (4) 在各个项目里程碑发布的数据集的增强版本。可以在BIOSPEX存储库中找到与此授权相关的其他代码(//github.com/iDigBio/Biospex)。该项目创建的增强标本数据的长期数据管理预计将通过整理物理标本的自然历史收藏来完成,可以在此Zenodo资源中找到其清单。

授予摘要: "佛罗里达州立大学奖将支持为世界地理参考,审查和版本化数据产品的开发做出贡献的研究's的马蹄蝙蝠及其亲属标本,供研究人员研究SARS样冠状病毒(包括COVID-19的致病因子)的起源和传播。据报道,马蹄蝠和其他密切相关的物种是几种SARS样冠状病毒的贮存地。这些蝙蝠的种类主要分布在这些病毒已被引入人类的地区。目前,与这些蝙蝠的标本相关的数据都保存在在全国和全球范围内广泛分布的自然历史收藏中。此外,将这些标本与当地联系起来的信息大多含糊不清,或者在许多情况下缺少。这降低了标本用于了解SARS-COV-2和类似病毒的来源,出现和分布的效用。该项目将使用扩展的标本模型,通过合并与每个蝙蝠标本相关的辅助信息,来提供高质量的地理参考数据产品。最终的产品将作为一个模型,说明如何将生物多样性集合中的数据用于解决人畜共患病的新出现疾病。该项目的结果将在开源期刊,科学会议以及与参与组织和机构相关的网站上广泛分发。该项目的支持提供了优化的优质资源,可为与增进我们对SARS-CoV-2生物学和传播的理解有关的研究提供信息。总体目标是通过开放存取存储库,以更广泛的研究和生物多样性收藏界使用的格式提供版本化的数据产品;通过GitHub的项目协议和代码,并在同行评审的论文中进行了描述,以及在整个项目中持续参与生物多样性收集活动,以将改进的数据重新整合到其本地标本数据管理系统中,从而改善长期管理。

该RAPID奖项将为马蹄蝠和相关物种制作并交付经过地理参考,经过审查和整合的数据产品,以促进对SARS-CoV-2和相关病毒的来源,分布和传播的了解,从而及时响应持续的全球大流行由SARS-CoV-2引起,对全球整合和提供与了解当前大流行的紧急情况和其他属性有关的高质量数据的重要贡献。该RAPID奖项是由生物基础设施部(DBI)使用《冠状病毒援助,救济和经济安全(CARES)法案》的资金颁发的。

该奖项反映了NSF'的法定使命,并通过基金会的评估被认为是值得支持的'的知识优势和更广泛的影响评估标准。"

此资源中包含的文件

  • 9d4b9069-48c4-4212-90d8-4dd6f4b7f2a5.zip:来自iDigBio的原始数据
  • 0067804-200613084148143.zip:来自GBIF的原始数据
  • 0067806-200613084148143.zip:来自GBIF的原始数据
  • RAPID-code_compile-deduplicate.R:与原始数据的编译和重复数据删除相关的代码
  • RAPID-code_standardize-country.R:与标准化国家/地区数据相关的代码
  • quick-data-providers_2020-09-23.csv:数据提供者列表和提供给quick-joined-records_country-cleanup_2020-09-23.csv的记录数
  • quick-joined-records_country-cleanup_2020-09-23.csv:数据产品的初始版本,其中原始数据已经过编辑和重复数据删除,并且国家/地区数据已经标准化
  • RAPID-protocol_compile-deduplicate.pdf:与原始数据的编译和重复数据删除相关的协议
  • RAPID-protocol_standardize-country.pdf:与标准化国家/地区数据相关的协议
  • 蝙蝠收集者的wikidata-notes_leachman_2020.docx:与RAPID人员协议结合使用的资源
  • 蝙蝠收藏家的wikidata-notes_leachman_2020.pdf:与RAPID人员协议结合使用的资源

由美国国家科学基金会DBI 2033973资助。
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