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快速创建世界数据产品'马蹄蝙蝠和亲戚标本,冠状病毒的已知水库

桅杆,奥斯汀r.; 保罗,黛博拉L.; 里奥斯,尼尔森; Krimmel,Erica R.; 布鲁恩,罗伯特; Shorthouse,David P.; 西蒙斯,南希B.; 奥普姆,纳森; Soltis,Pam.

此存储库与NSF DBI 2033973相关联,快速赠款:快速创建世界的数据产品'S马蹄蝙蝠和亲戚的标本,冠状病毒的已知水库(//www.nsf.gov/awardsearch/showAward?AWD_ID=2033973)。具体来说,此存储库包含 (1) 来自idigbio的原始数据(http://portal.idigbio.org)和gbif(//www.gbif.org), (2) 重复数据绞刑和改进的R码, (3) 与数据增强相关的协议,以及 (4) 在各种项目里程碑发布的数据集的增强版本。可以在Biospex存储库中找到与此授予关联的附加代码(//github.com/iDigBio/Biospex)。该项目创建的增强标本数据的长期数据管理预计将通过策划物理标本的自然历史收集来实现,其中一份列表可以在这个Zenodo资源中找到。

格兰特摘要: "佛罗里达州立大学奖项将支持对世界地理学,审查和版本化数据产品的发展的研究'研究人员的马蹄蝙蝠及其亲属的S标本,研究了SARS样冠状虫病毒的起源和传播,包括Covid-19的致病剂。据报道,马蹄蝙蝠和其他密切相关的物种是几个SARS样冠状虫病毒的水库。这些蝙蝠的种类主要分布在被引入这些病毒的区域中。目前,与这些蝙蝠的标本相关的数据被居住在天然历史上,这些历史集合在全国和全球范围内被广泛分布。此外,将这些标本与地方绑定的信息主要是模糊的,或者在许多情况下丢失。这降低了标本的效用,了解SARS-COV-2和类似病毒的源,出苗和分布。使用扩展标本模型,该项目将通过整合与每个蝙蝠标本连接的辅助信息来提供优质地理位置数据产品。所得到的产品将作为生物多样性集合中的数据如何用于解决新兴疾病的模型。该项目的结果将广泛在Opensource期刊上广泛传播,并通过与参与组织和机构相关的网站。该项目的支持提供了优化的质量资源,以告知研究,以提高我们对SARS-COV-2的生物学和传播的理解。整体目标是通过开放访问存储库提供更广泛的研究和生物多样性集群的格式的版本化数据产品;通过Github项目协议和代码,并在同行评审纸中描述,以及;在整个项目中与生物多样性集合进行持续参与,以重新融入改进数据,进入其当地标本数据管理系统,提高了长期策策。

这种快速奖励将为马蹄蝙蝠和相关物种生产和提供地理学,审查和综合数据产品,以促进SARS-COV-2和相关病毒的来源,分配和传播,及时对正在进行的全球大流行的回应由SARS-COV-2引起的,对全球努力的重要贡献,并提供与理解紧急和其他属性相关的质量数据,目前大流行。这种快速奖励由生物基础设施(DBI)划分使用来自冠心病援助,救济和经济安全(Cares)法案的资金进行的。

该奖项反映了NSF'法定使命并被认为通过使用基金会评估值得支持'智力优势和更广泛的影响审查标准。"

此资源中包含的文件

  • 77dfb340-4ab1-4c06-9f0c-eecc0558a9c8.zip.:来自idigbio的原始数据
  • 0019125-200613084148143.zip.:来自GBIF的原始数据
  • 0019126-200613084148143.zip.:来自GBIF的原始数据
  • Rapid-Code_Compile-Defuplate.r:与编译和重复数据删除原始数据相关联的代码
  • Rapid-Code_Standardize-Country.r:与标准化国家数据相关的代码
  • Rapid-joined-Records_country-cleanup_2020-07-31.csv:数据产品初始版本已编译和重复数据删除,并且国家数据已被标准化
  • Rapid-Protocol_compile-defupleate.pdf:与编译和重复数据删除原始数据相关的协议
  • Rapid-Protocation_standardize-country.pdf:与标准化国家数据相关的协议

美国国家科学基金会DBI 2033973的资金。
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Rapid-Code_Standardize-Country.r
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Rapid-joined-Records_country-cleanup_2020-07-31.csv
MD5:6E86B54D9B4CFB336E1935212B6220D0
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Rapid-Protocol_compile-defupleate.pdf
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Rapid-Protocation_standardize-country.pdf
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