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NF-Core / ViralRecon:NF-Core / ViralRecon v2.0 - 银雪貂

Harshil Patel.; Sarai Varona.; SaraMonzón.; Jose Espinosa-Carrasco; Michael L Heuer.; Gisela Gabernet.; migueljulia.; 菲尔·埃布尔; 斯蒂芬凯利; 凯特林亚丁; Maxime U. Garcia.; jcurado

[2.0] - 2021-05-13 :警告:主要增强功能

  • 管道已重新实施 nextflow dsl2.
  • 所有软件容器现在都是专门从中获得的 生物直肠
  • Updated minimum Nextflow version to v21.04.0 (see nextflow#572)
  • Bcftools.Ivar. will be run by default for Illumina metagenomics and amplicon data, respectively. However, this behaviour can be customised with the --callers parameter.
  • 变体图过程以直接来自于参考基因组的呼叫变体 德诺维 组件已被弃用并删除
  • 由于弃用和删除了Varscan 2的变体调用 许可限制
  • 新工具:
    • 穿山甲 for lineage analysis
    • NextClade. 对于思工分配,突变呼叫和共识序列质量检查
    • asciegenome. 用于带注释轨道的单个变体屏幕截图
其他增强& fixes
  • 包含在两个平台上测序的相同48个样本的Illumina和Nanopore运行已经上传到NF-Core AWS账户,以便在发布上进行全尺寸测试
  • 初始实现标准化的SAMPLESHET JSON模式,用于与用户界面和验证一起使用
  • Default human --kraken2_db link has been changed from Zenodo to an AWS S3 bucket for more reliable downloads
  • 更新了向NF-Core / Tools的管道模板 1.14
  • 优化MultiQc配置和输入文件,以便在巨大的示例号上更快运行
  • [#122] - 单个Spades命令统治它们
  • [#138] - 掩盖共识序列的问题
  • [#142] - Unknown method invocation toBytes on String type
  • [#169] - 使用SWIFT V2引物生成MOSDepth扩增子图时的GGPLOT2错误
  • [#170] - IVAR修剪SWIFT库的新偏移功能
  • [#175] - MultiQC报告不包括所有指标
  • [#188] - 在整个管道中添加和修复EditorConfig Linting
参数 Old parameter New parameter --amplicon_bed --primer_bed --amplicon_fasta --primer_fasta --amplicon_left_suffix --primer_left_suffix --amplicon_right_suffix --primer_right_suffix --filter_dups --filter_duplicates --skip_adapter_trimming --skip_fastp --skip_amplicon_trimming --skip_cutadapt --artic_minion_aligner --artic_minion_caller --artic_minion_medaka_model --asciigenome_read_depth --asciigenome_window_size --blast_db --enable_conda --fast5_dir --fastq_dir --ivar_trim_offset --kraken2_assembly_host_filter --kraken2_variants_host_filter --min_barcode_reads --min_guppyplex_reads --multiqc_title --platform --primer_set --primer_set_version --public_data_ids --save_trimmed_fail --save_unaligned --sequencing_summary --singularity_pull_docker_container --skip_asciigenome --skip_bandage --skip_consensus --skip_ivar_trim --skip_nanoplot --skip_pangolin --skip_pycoqc --skip_nextclade --skip_sra_fastq_download --spades_hmm --spades_mode --cut_mean_quality --filter_unmapped --ivar_trim_min_len --ivar_trim_min_qual --ivar_trim_window_width --kraken2_use_ftp --max_allele_freq --min_allele_freq --min_base_qual --min_coverage --min_trim_length --minia_kmer --mpileup_depth --name --qualified_quality_phred --save_align_intermeds --save_kraken2_fastq --save_sra_fastq --skip_sra --skip_vg --unqualified_percent_limit --varscan2_strand_filter

NB: 参数已有 更新 如果存在旧的和新参数信息。 NB: 参数已有 添加 如果仅存在新的参数信息。 NB: 参数已有 删除了 如果不存在新的参数信息。

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